منشأ اختلافات بین شیعه واهل سنت، اختلاف در امامت بعد از رسول خدا(ص) است. اهل سنّت اعتقادی به منصوب شدن امامان دوازده گانه از طرف پیامبر ندراند ولی شیعه معتقد است که پیامبر از طرف خدا، علی(ع) و فرزندان او را به عنوان امام و رهبر تعیین کرد و به مردم ابلاغ نمود که آنان مبیّن و مفسر قرآن و آگاه به رمز و رموز و بطون آن هستند.شیعیان در اعتقادات و در فروع دین تابع سلوک و تعلیمات امامان(ع) بوده و معارف دینی را از آنان گرفته ومعتقدند که امامان به قرآن آشناتر و به سنّت پیامبر آگاه تر از دیگران بودند. شیعة علی(ع) را برتر از بقیة صحابة پیامبر می دانند و او را آگاه تر و فقیه تر و عادل تر از بقیه می شناسد، همین طور در زمان امام باقر و امام صادق(ع) اینان از دیگران مانند ابوحنیفه داناتر بوده اند. شیعه سنّت پیامبر را از طریق اهل بیت گرفته اند ولی اهل سنّت، سنّت پیامبر را از غیر اهل بیت می گیرند. در نتیجه در بسیاری از مسائل مهم اعتقادی و فقهی درمانده اند و به گمان و اجتهادات شخصی استناد کرده اند. اختلاف در جبر و اختیار، امامت و رهبری و در احکام شرعی مانند کیفیت وضو، ارث، نماز و روزة مسافر از این قبیل استتفاوت ایدئولوژی دو فرقه شیعه و سنی در اسلام چیست‌؟با ارتحال جانسوز پیامبر گرامی اسلام‌و قطع ارتباط مسلمانان با غیب و وحی دراثر استفاده از رأی و اجتهاد شخصی‌، اختلاف‌های فراوانی بین مسلمانان بوجود آمد که در نهایت به پیدایش مذاهب مختلف و حوادث گوناگون منجر شد. از جمله موارد اختلاف در میان مسلمانان عبارت بودند از: 1. اختلاف در امامت و جانشینی پیامبر اکرم‌2. اختلاف در آوردن قلم و کاغذ طبق درخواست پیامبر گرامی‌پیش از وفات آن حضرت 3. اختلاف در رحلت پیامبر گرامی‌به این معنا که آیا آن حضرت می‌میرد و یا مثل حضرت عیسی‌غ به آسمان برده می‌شود؟! 4. اختلاف در محل دفن آن حضرت‌5. اختلاف در فدک که متعلق به حضرت زهرا3 بود و... هر کدام از اختلاف‌های مذکور برای اسلام و مسلمانان زیان‌هایی را در بر داشت‌، ولی مهمترین و برجسته‌ترین این اختلافها بحث امامت و جانشینی پیامبر گرامی‌بود که سایر اختلاف‌ها را تحت الشعاع خود قرار داد. شیعیان پیرو حضرت علی‌و معتقد به جانشینی بی‌واسطة آن حضرت بعد از پیامبر گرامی‌و نص و تصریح ولایت آن حضرت در غدیرخم از طرف پیامبر اکرم‌می‌باشند که در پی آن پیامبر اسلام‌مردم را در صحرای گرم و سوزان "خُم‌ْ" متوقف کرد و با بیان خطبه‌ای از جمله فرمود: "من کنت مولاه فهذا علی مولاه‌; هر کس من مولا و ولی او بوده‌ام‌، علی‌]7[ مولا و ولی او است‌..." و به همین مناسبت آیة 62، سورة مائده نازل شد.(الکافی‌، محمد بن یعقوب کلینی‌;، ج 1، ص 420، دارالکتب الاسلامیة‌، تهران‌.) و حدیث مذکور در منابع و کتاب‌های معتبر اهل تسنن نیز نقل شده است‌.(ر.ک‌: الدر المنثور، جلال الدین السیوطی‌، ج 3، ص 98، داراحیأ التراث العربی‌، بیروت‌.) به اعتقاد شیعیان ولایت و امامت حضرت علی بن ابیطالب‌ در قرآن کریم نیز مورد تأکید قرار گرفته و شأن نزول آیة 55، سورة مائده که به آیه ولایت معروف است ـ و نیز بسیاری دیگر از آیات قرآن کریم دربارة حضرت علی‌می‌باشد.(ر.ک‌: تفسیر مجمع البیان‌، مرحوم طبرسی‌;، ج 2، ص 126ـ129، منشورات دارمکتبة الحیاة‌، بیروت‌.) شیعه معتقد است که پس از حضرت علی‌امامام معصوم‌: یکی پس از دیگری جانشین پیامبر و بیان کننده قرآن و احکام الهی هستند و معتقدند که تمام وظایف و شئوون پیامبر به جز دریافت وحی تشریعی‌، برای آنان ثابت است‌، به همین جهت احکام و معارف اسلامی را از آنان دریافت نموده و پیرو مکتب اهل بیت‌: می‌باشند.