روابط قوا در جمهورى اسلامى ايران برخلاف تمامى كشورهاى دنيا به گونه اى خاص تنظيم شده است. هر چند كه به ظاهر به صورت تفكيك نسبى قوا تلقى مى شود، ليكن اين روابط از ويژگى هاى خاصى برخوردار است كه به خوبى آن را از ساير رژيم ها متمايز مى سازد.(4)مفهوم تفكيك قوا در مقابل «وحدت قوا»(5) به كار مى رود. اين تفكيك موجب پديدارى سازمان هاى حاكم عديده تخصصى مى گردد كه هر كدام به انجام وظيفه خاص خود مشغول اند و هيچ يك از قوا حق انجام وظيفه قواى ديگر را ندارد. سنخيت قواى حاكم، هم چنين اقتضا مى كند كه هر يك از قوا، بدون برترى و دخالت يكى در قلمرو اختيارات ديگرى، كار خود را انجام دهد و هيچ يك از قوا حق سؤال، استيضاح، عزل و انحلال يكديگر را نداشته باشد. اين چنين استقلالى را اصطلاحاً «تفكيك مطلق قوا»(6) مى گويند.نظريه تفكيك مطلق قوا، در جريان تحولات تاريخى دست خوش تغييراتى شده است كه ديگر نمى توان استقلال در مفهوم آن را چندان مشاهده كرد. خطر بالقوه و بالفعلى كه از ناحيه قوه مجريه و زمام دارى آن ناشى مى شود، هم قواى ديگر را تحت الشعاع «رياست گرايى»(7) اجرايى قرار مى دهد و هم اين كه آزادى و امنيت فردى را تهديد مى كند.(8) دليل اين مطلب اين است كه در اكثر كشورهاى دنيا در بحث ارتباط متقابل قوا، قوه مجريه مشمول بيش ترين نظارت ها از سوى دو قوه ديگر قرار مى گيرد.قانون اساسى جمهورى اسلامى ايران، در تدوين قواى سه گانه، علاوه بر ضرورت همكارى قوا، براى تأمين اهداف كلى نظام از انديشه مذكور به دور نبوده و مراتبى از ارتباط متقابل، توأم بانظارت و مسئوليت بين قواى حاكم را پيش بينى كرده است. در اصل 57 قانون اساسى ضمن برشمرن قواى سه گانه، مقرر مى دارد كه اين قوا مستقل از يكديگرند. آن گاه در اصل 58 و 59 اِعمال قوه مقننه را منحصر به مصوبات مجلس شوراى اسلامى و در مسائل مهم از طريق همه پرسى و مراجعه مستقيم به آراى عمومى بيان داشته است. هم چنين در اصل 60 قانون اساسى، اِعمال قوه مجريه به استثناى برخى از آن كه مستقيماً به عهده رهبرى قرار دارد، صرفاً از طريق رئيس جمهور و وزرا اجرا مى شود و در نهايت اين كه اِعمال قوه قضاييه (اصل 61) را نيز فقط به عهده دادگاه هاى دادگسترى قرار داده كه بايد براساس موازين اسلامى تشكيل و به حل و فصل دعاوى و ... بپردازد، اما نويسندگان قانون اساسى در سال 1358 در همان اصل 57 قانون اساسى، ضمن بيان استقلال قوا آورده بودند كه : «... روابط بين قواى سه گانه توسط رئيس جمهور برقرار مى گردد.» و نيزدر اصل 113 قانون اساسى آمده بوده: «... مسئوليت اجراى قانون اساسى و تنظيم روابط قواى سه گانه و رياست قوه مجريه جز در امورى كه برعهده رهبرى است، به عهده رئيس جمهور است».