در روز بیستم جمادى الثانى 1320 هجرى قمرى مطابق با 30 شهریـور 1281 هجرى شمسى ( 21 سپتامپر 1902 میلادى) در شهرستان خمین   از توابع استان مركزى ایران در خانواده اى اهل علـم و هجرت و جهاد و در خـانـدانـى از سلاله زهـراى اطـهـر سلام الله علیها، روح الـلـه المـوسـوى الخمینـى پـاى بـر خـاكدان طبیعت نهاد او وارث سجایاى آباء و اجدادى بـود كه نسل در نسل در كار هـدایـت  مردم وكسب مـعارف الهى كـوشیـده انـد. پـدر بزرگـوار امام خمینـى  مرحوم آیه الـله سید مصطفى مـوسـوى از معاصریـن مرحـوم آیه الـلـه  العظمـى میرزاى شیـرازى (رض)، پـس از آنكه سالیانـى چنـد در نجف  اشـرف علـوم و معارف اسلامـى را فـرا گرفته و به درجه اجتهـاد نایل  آمـده بـود بـه ایـران بازگشت و در خمیـن ملجاء مردم و هادى آنان  در امـور دینـى بـود. در حـالیكه بیـش از 5 مـاه ولادت روح الـلـه  نمى گذشت، طاغوتیان و خوانین تحت حمایت عمال حكومت وقت نداى حق طلبـى پـدر را كه در برابر زورگـوئیهایشان بـه مقاومت بـر خاسته بـود، با گلـوله پاسـخ گفـتـنـد و در مـسیر خمیـن به اراك وى را بـه شهادت رسانـدنـد. بستگان شهیـد بـراى اجراى حكـم الهى قصاص به  .تهران (دار الحكـومه وقت) رهـسـپار شـدند و بر اجراى عـدالت اصـرار ورزیدند تا قاتل قصاص گردید بدیـن ترتبیب امام خـمیـنى از اوان كـودكى با رنج یـتیـمىآشـنا و با مفهوم شهادت روبرو گردید. وى دوران كـودكـى و نـوجـوانى را تحت  سرپرستى مادر مـومـنـه اش (بانـو هاجر) كه خـود از خاندان علـم و تقـوا و از نـوادگان مـرحـوم آیـه الـلـه خـوانسـارى ( صاحب زبـده  التصانیف ) بوده است. همچنیـن نزد عمه مـكـرمه اش ( صاحبـه خانم ) كه بانـویى شجاع و حقجـو بـود سپرى كرد اما در سـن 15 سالگى از  نعمت وجـود آن دو عزیز نیز محـروم گـردید.