تولد و كودكي به سال 1333 ه.ش در شهرستان مياندوآب در يك خانواده مذهبي و باايمان متولد شد. در دوران كودكي، مادرش را – كه بانويي باايمان بود – از دست داد. تحصيلات ابتدايي و متوسطه را در اروميه به پايان رسانيد و در دوره دبيرستان (همزمان با شهادت برادرش علي باكري به دست دژخيمان ساواك) وارد جريانات سياسي شد. فعاليت هاي سياسي – مذهبي پس از اخذ ديپلم با وجود آنكه از شهادت برادرش بسيار متاثر بود، به دانشگاه راه يافت و در رشته مهندسي مكانيك مشغول تحصيل شد. از ابتداي ورود به دانشگاه تبريز يكي از افراد مبارز اين دانشگاه بود. او برادرش حميد را نيز به همراه خود به اين شهر آورد. شهيد باكري در طول فعاليت هاي سياسي خود (طبق اسناد محرمانه بدست آمده) از طرف سازمان امنيت آذربايجان شرقي (ساواك) تحت كنترل و مراقبت بود. پس از مدتي حميد را براي برقراري ارتباط با ساير مبارزان، به خارج از كشور فرستاد تا در ارسال سلاح گرم براي مبارزين داخل كشور فعال شود. شهيد مهدي باكري در دوره سربازي با تبعيت از اعلاميه حضرت امام خميني(ره) – در حالي كه در تهران افسر وظيفه بود – از پادگان فرار و به صورت مخفيانه زندگي كرد و فعاليت هاي گوناگوني را در جهت پيروزي انقلاب اسلامي نيز انجام داد.