سيستم کنترل داخلى مورد عمل در هر دستگاه از دو لحاظ در حسابرسى آن مورد توجه قرار مىگيرد. نخست آنکه در چند دههٔ اخير، رسيدگى به کنترلهاى داخلى برقرار شده در دستگاه مورد رسيدگى جزء استانداردهاى پذيرفته شده و متداول حسابرسى قرار گرفته و بهطورى که گفتيم حسابرس مکلف است رسيدگىهاى خود را بر اساس اصول و موازين قبول شده و متداول حسابرسى انجام داده و اين موضوع را در گزارش خود تصريح کند. دوم آنکه بهطورى که ذيلاً شرح داده خواهد شد چگونگى کنترل داخلى و قوّت يا ضعف آن در عمل، تا اندازهٔ بسيار زيادى در نوع رسيدگىهاى مورد لزوم حسابرسى و دامنه و عمق اين رسيدگىها مؤثر است و بنابراين قبل از شروع به عمليات حسابرسي، لازم است حسابرس قوت و يا ضعف سيستم کنترل داخلى برقرار شده در سازمان مورد رسيدگى را بررسى نموده و برنامهٔ حسابرسى خود را با توجه به آن تنظيم نمايداين تعريف بسيار جامعى است که به اختصار بيان شده است. بحث کنترل داخلى از جمله مباحث بسيار مهم و گستردهٔ علوم مالى است. شايد تا مدتى بعد از جنگ جهانى دوم مفهومى که از عبارت کنترل داخلى موردنظر بود بسيار متفاوت از تعريف فوق و بسيار محدودتر از آن بود. در آن موقع منظور از کنترل داخلى عبارت بود از تقسيم وظايف و مسؤوليتها بين کارمندان مالى و حسابدارى دستگاه بهطورى که انجام هر عمل مالى و حسابدارى و ثبت هرگونه معامله در دفاتر حسابدارى از آغاز تا پايان کار به وسيلهٔ يک نفر صورت نگرفته، بلکه در مراحل مختلف، اشخاص ديگرى نيز بهنحوى در عمل دخيل گردند، بهطورى که کارهائى که هر شخص انجام مىدهد بهطور مستقيم يا غيرمستقيم توسط شخص ديگرى کنترل گردد